2007年，拍攝個人第一部電影作品，劇情片《野·良犬》，該片由陳奕迅、林苑、文俊輝聯袂主演，獲得日本亞洲海洋電影節最高電影大獎、德國國際童真電影節歐洲評審最佳少年電影大獎，郭子健憑借此片獲得第27屆金像獎新晉導演提名。
2008年，執導由余文樂、冼色麗、樊少皇聯合主演的劇情片《青苔》，獲得第28屆香港電影金像獎最佳新晉導演獎。
2010年，執導由李治廷、文詠珊合作主演的愛情片《為你鐘情》。同年，與鄭思杰聯合執導動作片《打擂臺》，該片獲得第17屆香港電影評論學會大獎最佳電影、第30屆香港電影金像獎最佳電影等，郭子健憑借此片獲得第30屆金像獎最佳導演提名。
2013年，與周星馳聯合執導由文章、舒淇、黃渤等合作主演的古裝神話片《西游·降魔篇》，獲得第50屆臺灣電影金馬獎最佳跨媒介改編劇本獎。
2014年，執導以香港消防處特種救援隊為題材的災難片《救火英雄》，該片由謝霆鋒、余文樂、任達華聯合主演，獲得第33屆香港電影金像獎最佳導演提名。
2015年，執導由彭于晏、倪妮、歐豪聯袂主演的古裝愛情片《悟空傳》，該片于2017年7月13日在中國大陸上映。
2019年9月21日，主演電影《古董局中局》。
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