1990年，出演首部電視劇《莫道無情》飾演男三號方俊鴻，1991年，在《回首天已藍》中出演男二號程曉海；1994年，參演《七俠五義》飾演南俠展。
1998年3月，作為瓊瑤旗下簽約藝首位藝人，焦恩俊與蔣勤勤、朱茵等主演瓊瑤劇《蒼天有淚》，飾演敗家子展云翔；同年，與龔慈恩主演愛情電視劇《新鴛鴦蝴蝶夢》，飾演曹家的第四代獨子曹鼎文。
1999年8月，與蕭薔、吳京主演古龍武俠電視劇《小李飛刀》，飾演李尋歡一角。
2002年，與藝人吳泓君、羅賓、張帝、陳今佩等人合作發行閩南語專輯《百萬巨星大賺錢》。
2005年6月1日，主演的35集古裝神話電視連續劇《寶蓮燈》在中國中央電視臺電視劇頻道播出，焦恩俊在劇中飾演亦正亦邪的二郎神楊戩創下最高收視9.1收視記錄，是當年的收視榜首之作，并榮獲第十一屆“亞洲電視大獎”最佳電視劇獎等榮譽。
2007年，焦恩俊和蔡少芬聯合主演古裝武俠電視連續劇《淚痕劍》，飾演卓東來。
2008年3月，焦恩俊與前經紀人Amy再度攜手，在北京舉行簽約新聞發布會，正式加盟星之國際。
2009年，參演《寶蓮燈》姊妹篇電視劇《寶蓮燈前傳》，焦恩俊再次飾演二郎神楊戩。
2011年4月，在劉燁主演的電影《硬漢2》飾演刑警隊長；年底，焦恩俊推出首張個人專輯《文森特先生》，第一主打歌為《蒲公英》。
2013年7月，在與羅嘉良合作主演的抗戰題材電視劇《越境》中出演愛國黨員榮公子。
2015年5月， 與連凱主演的現代黑色懸疑犯罪電影《懸戰》全國公映，焦恩俊在劇中飾演周旋于警察與黑社會勢力之間的律師姜東。
2016年8月，與朱一龍、張馨予等聯袂主演的武俠劇《新邊城浪子》登錄北京衛視播出，焦恩俊出演魔教大公子花寒衣。同年9月，擔任“《劍俠情緣2網頁版》”游戲代言人。
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