1993年，首次出演根據(jù)劉勇長篇小說改編電影《血岸情仇》，在劇中飾演趙北天一角。1994年，首次在電視劇《鄉(xiāng)親》中出演趙廣仁。1996年，在電視劇《野狐峪》中首次擔(dān)任主角，在劇中飾演主人公亢二。1999年，主演電視劇《壯志凌云》。
2001年，由八一電影制片廠根據(jù)第五屆“全軍十大學(xué)習(xí)成才標(biāo)兵”黃和平和他的隊友們的經(jīng)歷改編拍攝的一部現(xiàn)代軍事動作片《沖出亞馬遜》，侯勇飾主人公特種兵中尉王暉，表現(xiàn)出新時期中國軍人豪邁地走向世界的嶄新形象，憑借這部電影獲得2002年第8屆中國電影華表獎優(yōu)秀男演員獎，2003年第9屆中國電影表演藝術(shù)學(xué)會金鳳凰獎表演學(xué)會獎。
2002年，與王志文、許晴、巍子合作出演反映當(dāng)代軍人題材電視劇《DA師》。同年憑借革命歷史電影《聲震長空》獲得第6屆中國長春電影節(jié)優(yōu)秀男演員獎。
2003年，在歷史商戰(zhàn)劇《大染坊》中飾演印染業(yè)奇才陳壽亭，憑借在片中的精彩演出，獲得2004年第22屆中國電視金鷹獎暨第5屆中國金鷹電視藝術(shù)節(jié)最佳表演藝術(shù)獎男演員獎、最受觀眾喜愛的電視劇男演員獎，第24屆中國電視劇飛天獎優(yōu)秀男演員獎三項大獎。同年在由央視影視部、八一電影制片廠、公安部政治部和修正藥業(yè)集團(tuán)聯(lián)合攝制，表現(xiàn)新中國基層公安派出所成長歷程的電視劇《無愧蒼生》中飾演年輕的東北民主聯(lián)軍戰(zhàn)士任福祥。還在電視劇《白銀谷》中飾演康三爺。以及出演電視劇《天高地厚》、《末代皇妃》。
2004年，主演反映中國工程院院士成長歷程的電視劇《追日》。在電視劇《中華之劍》中首次飾演黑幫老大。在王文杰導(dǎo)演的古裝電視劇《開創(chuàng)盛世》中出演唐朝有名的諫議大臣魏征。在《浪子燕青》飾演宋徽宗。還出演了電視劇《鐵色高原》，就在拍攝《鐵色高原》時，葉大鷹導(dǎo)演臨時讓侯勇接替姜文在電視劇《陳賡大將》中出演陳賡。
2005年，主演軍事題材劇《沙場點兵》、與斯琴高娃、巍子共同出演電視劇《滄海英雄》、在高希希執(zhí)導(dǎo)的電視劇《真情年代》中與殷桃、丁志誠共同演繹上山下鄉(xiāng)年代的糾葛愛情。友情出演南京軍區(qū)前線文工團(tuán)作品《上將許世友》中陳賡一角，在都是情感劇《不能沒有你》中扮演反面人物沈陽，在舒淇主演的首部內(nèi)地古裝劇《風(fēng)塵三俠之紅拂女》中飾演唐高祖李淵。9月，侯勇受邀主持第五屆徐福節(jié)。
2006年，在電視劇《大秦帝國》中飾演戰(zhàn)國初期最杰出的君主秦孝公。同年主演根據(jù)緝毒英雄吳光林為原型拍攝的影片《緝毒警》，還出演了電影《車禍疑云》。
2007年，在電視劇《井岡山》中扮演秋收起義暴動部隊總指揮盧德銘，與田海蓉主演間諜劇《狂花凋落》，在電視劇《DA師》的續(xù)集《狼煙》中出演配角桂平原，同年在宋業(yè)明執(zhí)導(dǎo)的電影《八月一日》中飾演開國元勛賀龍，憑借影片獲得第15屆北京大學(xué)生電影節(jié)最受大學(xué)生喜愛的男演員獎以及第1屆北京影視春燕獎電影最佳男配角獎。同年還出演主旋律電影《公仆》，與夏雨共同出演獻(xiàn)禮十七大影片《江北好人》。
2008年，在吳宇森執(zhí)導(dǎo)電影《赤壁》中飾演魯肅，同年在軍旅劇《高地》中飾演蘭澤光、在被譽為中國版“加里森敢死隊”的諜戰(zhàn)大戲《特戰(zhàn)先鋒》中飾演共產(chǎn)黨員黃天明，在《七十七封陣亡通知書》中飾演生活最底層的司機一角。
2009年，再次與導(dǎo)演鄭方南合作出演電視劇《彈孔》中的一名紅軍首長，主演懸疑劇《夜來香》，在康洪雷導(dǎo)演的電視劇《奠基者》中飾演獨臂將軍余秋里，主演紀(jì)念辛亥革命百年獻(xiàn)禮作品《陜北漢子》，與應(yīng)采兒主演諜戰(zhàn)劇《冰是睡著的水》，同年在在電影《建國大業(yè)》中客串陳賡、與李幼斌主演電影《驚天動地》，在劇中飾演某集團(tuán)軍摩步旅旅長唐新生。
2010年，主演家庭情感劇《幸福攻略》，在劇中做起了居家男人，在《旗袍旗袍》中飾演上海灘“暗殺王”王九洲，在家庭情感劇《一家不說兩家話》客串一個性格軟弱的小人物李國安、在軍事勵志劇《我是特種兵》扮演特種兵大隊長，同年在電影《建黨偉業(yè)》飾唐紹儀。
2011年，主演闞衛(wèi)平執(zhí)導(dǎo)的大型海峽親情劇《兄弟?！贰Ｓ亚槌鲅蓦娨晞 洞鬆I救》。與王雅捷領(lǐng)銜主演抗戰(zhàn)劇《冬日驚雷》，飾演日軍特務(wù)行動隊的副隊長錢廣來。在《我是特種兵之利刃出鞘》中出演狼牙特戰(zhàn)旅大隊長何志軍。同年主演根據(jù)2010感動中國人物郭明義為原型改編的獻(xiàn)禮建黨90周年的電影《郭明義》，在黑色喜劇電影《一路驚心》中飾演公安局長。在劉之冰、郭曉冬主演的以中共監(jiān)察委員會成立史實為背景的電影《鑄劍·1927》中演酒館老板。在少兒賀歲電影《小小飛虎隊》中飾演老吳。
2012年，加盟90后一代主演的時尚、青春的軍旅劇《麻辣女兵》，在王寶強主演電視劇《與狼共舞》中跑龍?zhí)籽莺握乒?，同年客串出演電影《血滴子》、《平壤之約》、《溫故一九四二》。
2013年，與沈傲君、許亞軍主演溫暖系劇《溫暖的日子》飾演憨厚、老實的鐵匠三猛子。在特種兵系列劇《特種兵之火鳳凰》中飾演狼牙特戰(zhàn)基地司令；同年，出演紀(jì)念開國將領(lǐng)周希漢誕辰一百周年的影片《戰(zhàn)將周希漢》扮演國家和中國人民解放軍的優(yōu)秀領(lǐng)導(dǎo)者陳賡，在輕喜劇勵志電影《80后的獨立宣言》中與何賽飛扮演一對“苦盡甘來”的夫妻。
2014年8月，與歌唱家王莉牽手參加CCTV-15音樂頻道中國情歌大匯，演唱歌曲《因為愛情》。
2015年，領(lǐng)銜主演的抗日歷史劇《追我魂魄·英雄吉鴻昌》播出，在劇中飾演革命烈士吉鴻昌。5月，出演抗戰(zhàn)史詩劇《宜昌保衛(wèi)戰(zhàn)》，在劇中飾演國民黨上將銜陸軍中將。
2016年2月7日，在央視春晚聯(lián)歡晚會上演唱歌曲《將軍與士兵》；5月24日，在都市情感劇《下輩子還做我老爸》中飾演西北漢子沙陀；6月30日，慶祝中國共產(chǎn)黨成立95周年電視文藝特別節(jié)目《偉大的旗幟》在央視一套、三套黃金檔播出，侯勇與周征波主演的情景劇《長征》；同年，主演革命抗戰(zhàn)劇《鐵血將軍》，飾演軍事戰(zhàn)略指揮家范筑先。
2016年5月，參演歷史革命電影《大會師》，飾演中國人民解放軍的創(chuàng)始人和主要領(lǐng)導(dǎo)者之一賀龍。
2017年3月，參演檢察反腐劇《人民的名義》，在劇中飾演國家某部委某處長趙德漢。
2018年3月16日，與陳妍希、何潤東合作主演的人物傳記劇《鄧麗君之我只在乎你》正式開機。
2019年8月1日，主演消防題材電影《烈火英雄》。
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