1990年，臺灣藝校大學二年級的吳倩蓮參演首部電影，與劉德華主演《天若有情》，獲得第十屆香港電影金像獎最佳新演員提名。
1993年，與郭富城主演《天若有情2之天長地久》。
1994年1月，推出首張個人專輯《天下浪子不獨你一人》，奪得十大中文金曲最有前途新人金獎、叱吒樂壇生力軍女歌手銅獎；主演李安執導的電影《飲食男女》。
1996年，與張國榮聯袂主演電影《夜半歌聲》，榮獲“長春國際電影節”最佳女主角；同年，與周潤發主演電影《和平飯店》；與劉德華再次合作，主演《天若有情3之烽火佳人》
1998年，與任賢齊合作，主演中國臺灣臺視拍攝的電視劇《神雕俠侶》，吳倩蓮飾演小龍女一角；同年，與黎明主演許鞍華執導的電影《半生緣》，獲得第17屆香港電影金像獎最佳女主角提名，榮獲第四屆香港電影影評學會最佳女主角。
2000年，與李亞鵬主演的中國內地電視劇《京港愛情線》在北京電視臺第一套節目的黃金檔播出，吳倩蓮在劇中飾演方明一角。
2002年吳倩蓮出任自己網站的CEO。2005年，在電視劇《阮玲玉》中出演阮玲玉一角。2005年，在胡軍主演的電視劇《楚漢風云》中飾演呂雉一角。
2006年，在歷史電視劇中《北魏馮太后》出演第一女主角，飾演16歲到49歲的馮太后。
2013年1月，參演的電視劇《唐朝浪漫英雄》播出，飾演葉塘蓮一角。
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