1997年，蔡君茹參演電影《愛情來了》進入演藝圈，并在同年參演了個人第一部電視劇《青春教室》；同年亦拍攝了人生的第一部八點檔《布袋和尚》，為劇中角色，在導演勸說下剃了光頭演出。
1998年，蔡君茹出演中視金鐘劇《擁抱》，并以此入圍第35屆金鐘獎最佳女配角。同年憑借電影《果醬》獲得第一屆臺北電影節最佳新人獎。
2000年，蔡君茹出演《少年梁祝》，開始嶄頭露角；同年憑借電視劇《逆女》的出演，獲得第36屆臺灣電視金鐘獎最佳單元劇女主角。
2003年，蔡君茹出演了臺灣青春偶像劇《我的秘密花園》，飾演“小敏”的姐姐，并因此認識了林依晨。
2005年，蔡君茹出演了連續劇《天若有情》，飾演了心理咨詢師“李緯凡”。
2006年10月，蔡君茹出演的《天若有情2》在鳳凰衛視播出。12月，蔡君茹與趙毅聯袂出演了拍版的電視劇《聊齋》，飾演仙女一角。
2008年，蔡君茹出演的《歡喜來逗陣》播出，在劇中飾演了平凡的上班女郎黃婉婷，并以此劇的表演入圍第43屆臺灣電視金鐘獎最佳女配角獎。在2008年的《女人何苦為難女人》中，蔡君茹飾演了“齊非”一角。
2009年，蔡君茹出演了《歡喜來逗陣》的續集《魔女18號》。
2010年，蔡君茹被林永健欽點出演《老馬家的幸福往事》的女主角馬拉，還出演了《家和萬事興》。
2012年，蔡君茹憑電視劇《愛回來》入圍第47屆臺灣電視金鐘獎戲劇節目最佳女主角獎 。
2013年，蔡君茹客串了《含笑食堂》，客串女主角工作上的敵人徐筱玲。同年2月，《東華春理發廳》殺青后，蔡君茹獨自飛往美國游學半年，并在紐約置辦房產。12月，拍攝華視旗艦大戲《海海人生》，飾演個性獨立的徐海恩。
2014年初，蔡君茹客串賀歲大電影《大稻埕》。同年拍攝公共電視人生劇展《加油喔！阿文》，憑此部作品入圍第49屆臺灣電視金鐘獎迷你劇集/電視電影女配角獎。 6月，蔡君茹接下超視綜藝節目《2分之一強》的主持棒。
2015年，蔡君茹拍攝了緯來電影臺電視電影《愛上花豹女》，飾演方瑪莉。
2016年，蔡君茹出演了《滾石愛情故事》，飾演第十四個故事《你走你的路》中的女主角鄭佩盈。同年6月，蔡君茹客串了中視情景喜劇《原來1家人》，飾演與詹士邦相親的月光族月亮仙子。
2017年，蔡君茹出演了TVBS《酸甜之味》，飾演個性獨立的潘家大女兒潘智恩。
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